Implementation and outcomes of a rapid response genomic hospital epidemiology programme at an academic medical centre over 7 years.
研究背景
医院获得性感染影响数百万人，传统调查方法难快速识别病原体传播路径。全基因组测序（WGS）和宏基因组下一代测序（mNGS）兴起，为感染控制提供新工具。本研究评估“快速响应（RR）”基因组流行病学项目在医院感染控制中的应用效果。
方法速览
RR项目由加州大学旧金山分校与Chan Zuckerberg Biohub合作建立，医院感染控制团队与基因组实验室协同运作。临床人员等可发起调查请求，采用多种分子检测策略，开发自动化分析流程。
主要发现
- 暴发调查：2017 - 2024年进行48起疑似暴发调查，33起排除，15起确认为真实暴发。如2021年一起调查，WGS迅速排除暴发可能，节省人力时间，而2016年类似调查耗时久无结论。
- 特殊病原体检测：开展19项特殊兴趣调查，检测到达托霉素耐药菌株、美国西海岸首例Candida auris感染病例等。
- 持续监测：支持四项长期监测计划，如NICU的MRSA定植监测，识别传播路径，推动防控措施，使MRSA临床感染率下降。
- mNGS独特作用：在检测无法培养和新发病原体方面表现出色，如呼吸道病毒暴发、EV - D68 B3亚型、输血相关败血症调查等。
总结展望
RR项目展示了基因组流行病学在医院感染控制中的强大潜力，提高暴发识别准确性，降低感染率。mNGS拓展病原体检测范围。未来，标准化流程和前瞻性监测策略将助力推广该方法，提升患者安全和感染控制水平。