Implementation and outcomes of a rapid response genomic hospital epidemiology programme at an academic medical centre over 7 years.
研究背景
医院获得性感染每年影响数百万人，传统调查方法耗时长、资源需求大。全基因组测序（WGS）和宏基因组下一代测序（mNGS）技术兴起，为感染控制带来新契机。本研究评估“快速响应（RR）”基因组流行病学项目在医院感染控制中的应用效果。
方法速览
RR项目由加州大学旧金山分校与Chan Zuckerberg Biohub合作建立，医院感染控制团队与基因组实验室协同运作。临床人员等可发起调查请求，采用多种分子检测策略，开发自动化分析流程。
主要发现
- 暴发调查：2017 - 2024年进行48起疑似暴发调查，33起排除，15起确认。如2021年一起调查，WGS快速排除暴发，节省人力时间。
- 特殊病原体检测：开展19项特殊兴趣调查，检测到耐药菌、新发病原体等，如达托霉素耐药菌株、美国西海岸首例Candida auris感染等。
- 持续监测：支持四项长期监测计划，如NICU对新生儿MRSA筛查，4年识别10个遗传相关簇，降低临床感染率。
- mNGS独特作用：在检测无法培养和新发病原体方面表现出色，如识别鼻病毒、EV - D68 B3亚型、输血相关败血症病原体等。
总结展望
RR项目展示了基因组流行病学在医院感染控制中的强大潜力，提高暴发识别准确性，降低感染发生率。mNGS拓展病原体检测范围。未来，标准化测序流程和前瞻性监测策略将助力该方法推广，提升患者安全和感染控制水平。