State of omics-based microbial diagnostics of CRC.
研究背景
结直肠癌（CRC）是全球癌症相关发病率和死亡率的主要负担之一，早期检测对减轻其严重性至关重要。随着对CRC及其肠道微生物群落理解的深入，肠道细菌成分变化及相关代谢物或可用于CRC诊断，测序与代谢物分析技术进步为此提供了机会。
方法速览
- 肠道微生物组与CRC关系研究：多项研究对比CRC患者与健康人群结肠粘膜和粪便中细菌丰度。
- 当前CRC诊断方法：包括粪便免疫化学测试、结肠镜检查、血液测试等。
- 微生物组学方法：有特定物种定量PCR、16S rRNA基因PCR扩增和测序、宏基因组测序。
- 微生物衍生代谢物研究：检测CRC患者和健康个体代谢物差异。
- 综合多组学数据：结合微生物组和代谢组数据，提高诊断准确性。
主要发现
- 肠道微生物组：口腔厌氧菌如Fusobacterium nucleatum等在CRC患者中显著富集，早期病变阶段也有差异。F. nucleatum可促进CRC发展。
- 当前诊断方法：现有方法各有优劣，新兴非侵入性方法不断涌现。
- 微生物组学方法：特定物种定量PCR针对性强但范围有限；16S rRNA基因PCR扩增分辨率低；宏基因组测序全面但成本高、数据库有限。
- 微生物衍生代谢物：次级胆汁酸、多胺等在CRC患者中显著升高，可作潜在诊断标志物。
- 综合多组学数据：结合微生物组和代谢组数据可提高传统诊断工具敏感性和特异性。
总结展望
口腔厌氧菌和代谢物有CRC诊断潜在价值，结合多组学数据可助力早期检测。但研究面临患者生活方式、方法学差异和数据管理等挑战，控制混杂因素和标准化数据处理是关键。