Methylation-based test for diagnosis of benign and malignant melanocytoma.
研究背景
准确诊断黑色素瘤对提高患者生存率至关重要，但仅靠形态学分析区分黑色素瘤和痣，在早期或无明显核多形性时颇具挑战。DNA甲基化异常在肿瘤发展中作用关键，筛选异常甲基化模式可为黑色素瘤诊断提供辅助。
方法速览
- 样本收集：收集288个福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本（143个痣和145个黑色素瘤）和68个血浆样本（31个黑色素瘤患者和37个健康对照）。
- Pyrosequencing：在发现集中用该技术检测PRAME、CLDN11和SHOX2的启动子甲基化水平。
- MS - qPCR检测方法开发：基于Pyrosequencing结果，开发两管MS - qPCR检测方法量化PRAME和CLDN11甲基化水平。
- 统计分析：用SPSS软件进行Mann - Whitney U检验、多变量逻辑回归分析和ROC曲线分析评估诊断模型性能。
主要发现
- 显著诊断标志物：PRAME和CLDN11启动子甲基化水平在黑色素瘤和痣间差异显著，可作为黑色素瘤诊断标志物。PRAME在黑色素瘤中甲基化水平显著降低，CLDN11则显著升高，SHOX2无显著差异。
- 高准确性检测方法：MS - qPCR检测方法在训练集和验证集的AUC值分别为0.873和0.863，敏感性和特异性良好，区分黑色素瘤和痣准确性高。
- 不同亚型诊断效能高：在肢端、黏膜黑色素瘤及早期黑色素瘤检测中表现出高诊断效能，有助于早期诊断。
- 血浆样本诊断价值：在血浆样本中，虽敏感性低，但对晚期黑色素瘤检测更好，甲基化DNA标志物或可作亚临床疾病复发或进展替代指标，且在黏膜黑色素瘤早期筛查有非侵入性优势。
- 区分早期瘤与良性痣：在早期黑色素瘤和良性痣区分中，敏感性和特异性较高，可避免良性痣过度诊断和不必要治疗。
总结展望
本研究开发的基于PRAME和CLDN11启动子甲基化水平的MS - qPCR检测方法，快速、成本效益高且操作简便，适用于不同亚型和阶段黑色素瘤诊断。不过，该方法在血浆样本中敏感性低，样本预处理和健康对照假阳性等问题待解决，需更多样本和优化检测阈值提升性能。