Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis: a review of current methods, databases, softwares, and analytical tools.
研究背景
结核病（TB）由结核分枝杆菌复合体（MTBC）引起，仍是全球公共卫生重大挑战。传统分子分型方法如IS6110 - RFLP、MIRU - VNTR和spoligotyping有操作复杂、成本高、分辨率有限等局限。全基因组测序（WGS）技术的出现，提升了TB分型精确度和数据分析深度。
方法速览
本文综述了IS6110 - RFLP、spoligotyping、MIRU - VNTR和WGS等多种分子分型方法，并评估其在TB流行病学研究中的应用价值。还介绍了MTBseq、PhyResSE等多种软件工具和数据库，用于分析WGS数据、预测耐药性和进行分子流行病学研究。
主要发现
- WGS在TB分型中的优势：能识别单核苷酸多态性（SNPs）和其他遗传变异，区分最近传播事件，提高对TB传播模式的理解和监测能力。
- 区分复发与再感染：通过SNP距离计算，复发和新感染的SNP距离显著不同（0 - 8 vs. >1,000 SNPs），有助于指导治疗方案选择。
- 耐药性检测：能快速准确预测TB菌株对一线抗TB药物的耐药性，准确率超90%，还可追踪耐药发展、解析新耐药机制。
- TB流行病学研究：通过设定SNP阈值准确定义传播集群，细分MIRU - VNTR集群，排除假阳性传播事件。
- 基因组相关性分析：能检测TB菌株间基因组相关性，揭示不同地理区域TB菌株遗传多样性和进化关系。
总结展望
WGS技术具有高分辨率、快速准确预测耐药性、可全球数据共享等创新性，但存在成本高、标准化不足、数据处理难等局限性。未来需降低成本、统一标准，以推动其在TB研究中的广泛应用。