Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides.
研究背景
蕈样肉芽肿（MF）是常见皮肤T细胞淋巴瘤，有从斑块到肿瘤的演变过程。早期识别进展到晚期的患者颇具挑战。本研究旨在探讨MF进展中，转录组表达和肿瘤微环境的变化，并找出与进展相关的基因标记物。
方法速览
- 用CD3、CD4和CD30形态标记物进行空间转录组学分析，确定不同病变阶段基因表达差异。
- 通过免疫组化染色检测CAF标志物和M2巨噬细胞标志物表达。
- 用独立t检验、Mann - Whitney U检验和Kruskal - Wallis检验比较基因表达和免疫细胞组成。
主要发现
转录组表达变化：从斑块到斑块期，淋巴瘤细胞区域中与胶原纤维组装等相关基因上调，表皮细胞分裂等相关基因下调；从斑块到肿瘤期，细胞周期等相关基因上调，表皮细胞分裂调节相关基因下调。
肿瘤微环境变化：从斑块到肿瘤期，记忆B细胞等增加，活化的NK细胞等减少；M2巨噬细胞在两期淋巴瘤和免疫细胞区域均增加，其CD163表达与多数进展标志基因和T细胞耗竭标志物相关。
进展标志基因：发现46个在MF进展中持续显著上调的基因，与癌症相关成纤维细胞等多种通路相关，高表达与早期患者疾病进展等相关，公共数据库验证结果一致。
免疫组化染色结果：TIMP1、RAC2、CAF标志物、M2巨噬细胞标志物表达在MF进展中显著增加，进展期1期MF高于惰性1期MF。
总结展望
本研究首次用空间转录组学技术系统分析MF进展，发现46个进展标志基因，为预测疾病进展提供新生物标志物。不过，研究存在样本量小、ROI选择受限、随访时间不足等局限。