Integrative proteo - genomic profiling uncovers key biomarkers of lapatinib resistance in HER2 - positive breast cancer.
研究背景
药物耐药性是癌症治疗的主要障碍，约70%乳腺癌患者5年治疗后复发，且缺乏相关生物标志物致临床预后不佳。以往研究多聚焦基因突变，本研究通过整合多组学策略，识别拉帕替尼耐药的HER2阳性乳腺癌模型关键生物标志物。
方法速览
- 细胞培养：用SKBR3和诱导耐药的SKBR3 - L细胞系。
- 3D细胞培养和形态分析：用定量相位成像技术。
- 免疫荧光检测：用HER2抗体。
- 软琼脂克隆形成实验：评估细胞生长能力。
- RNA - seq和ATAC - seq：分析基因表达和染色质可及性。
- 蛋白质组学分析：用LC - MS/MS技术。
- 数据处理和分析：用多种生物信息学工具。
主要发现
- 拉帕替尼耐药细胞侵袭性增强：SKBR3 - L细胞在体外侵袭和转化潜力更高，软琼脂克隆更大、形态不规则且突起多。
- 转录组和染色质可及性变化：耐药细胞转录谱与敏感细胞差异大，整体染色质可及性降低，但特定区域增加。
- 关键生物标志物鉴定：整合多组学数据鉴定出九个与耐药相关生物标志物，七个为新候选基因。
- 蛋白质相互作用网络和通路富集分析：EGFR和TPM1等蛋白在网络中心，标志物参与多种通路。
- 验证实验：在肺癌细胞系中验证，FASN和HPGD在耐药细胞中表达上调。
总结展望
本研究整合多组学数据揭示拉帕替尼耐药分子机制，鉴定新生物标志物，为研究提供新方向。但研究基于体外细胞模型，需在体内模型和临床样本验证，具体分子机制也待深入探讨。